После национализации в 1918 году усадьба Белкино была передана в ведение местных органов советской власти. С того момента началось разорение и разрушение всего усадебного ансамбля, в первую очередь главного дома с флигелями, которое ускорялось с каждым годом. В 1920-х годах на первом этаже особняка разместили начальную школу, входившую в систему Первой опытной станции Наркомпроса. Что касается других этажей, то они пустовали, не отапливались и не поддерживались в порядке, и помещения стали быстро разрушаться. Об этом свидетельствовал заведующий Боровским музеем А.М. Покровский, проводивший обследование особняка в феврале 1930 года. В своем отчете Покровский указал, что в это время передний и задний фасады главного дома, включая двусветный зал, уже рассекали глубокие трещины, в которых свили гнезда галки. Трещины  быстро расширялись.

В период коллективизации усадьба Белкино была передана в ведение совхоза «Боровский», и особняк был приспособлен под общежитие для рабочих. К тому времени от западной пары флигелей уже почти ничего не осталось (оба флигеля сгорели от случайных пожаров). Наконец в 1950-х годах стены главного дома треснули насквозь и разошлись, жить здесь стало уже невозможно. И тогда здание было просто заброшено. Усадебный парк был предоставлен своей судьбе и быстро зарастал, в нем давно буйствовала молодая поросль.

Усадьба Белкино была принята на государственную охрану как памятник истории и архитектуры областного значения в 1948 году. В 1960 году постановление Совмина РСФСР придало усадьбе статус памятника республиканского значения. Но громкий статус остался на бумаге, в то время как заброшенная усадьба все больше приходила в запустение. В 1980-х годах, когда растущий город Обнинск вплотную приблизился к границам усадьбы, темпы разрушения особняка уже называли катастрофическими. Зданию храма «повезло» больше, поскольку в нем разместили колхозный склад. На месте прежнего парадного двора и на отдельных участках парка выросли как грибы частные домики, некоторые из которых до сих пор уродуют облик восстановленного архитектурно-паркового ансамбля.

На рубеже 80-90-х годов прошлого века, в период «перестройки», обнинские краеведы организовали инициативную Белкинскую группу с целью спасения усадьбы: они проводили субботники по расчистке парка, сумели начать  противоаварийные работы в храме, организовали широкий сбор средств. К сожалению, в итоге все собранные горожанами средства «съела» инфляция, и на этом работы в усадьбе естественным образом прекратились.

К концу XX века стало очевидно, что уникальный памятник екатерининской эпохи оказался на грани гибели. От особняка остались одни руины, флигеля и здание «Риги» развалились. Из четырех каскадных прудов сохранился лишь второй, самый длинный, но он был полностью затянут тиной; от верхнего каскадного пруда оставалось одно ложе, а места двух нижних уже с трудом прослеживались. Высохшее ложе Большого пруда было превращено горожанами в большую свалку, куда сваливали старые ржавые автомобили.

Старинный парк зарос бурьяном и фактически одичал, заваленный упавшими деревьями и сухостоем, изуродованный неисчислимыми свалками мусора и черными язвами кострищ. Главная аллея, спускающаяся по трем террасам, еще сохранялась, но боковые аллеи невозможно было различить среди стихийных кривых тропинок. Местные жители уже опасались заходить в это безлюдное и небезопасное место. Казалось, что обреченная усадьба доживает свои последние дни, невзирая на многочисленные призывы городской общественности к властям.