История села Белкино богата событиями, связанными со многими видными деятелями отечественной истории. Первое упоминание о селе Белкине относится к 1588 году: в писцовой книге Малоярославецкого уезда оно фигурирует как вотчина боярина Бориса Годунова.  Однако основано оно было значительно раньше – по всей вероятности, в конце XV века. Название села происходит от прозвища, точнее, «мирского имени» первого владельца, дворянина Ивана Федоровича Белки Отяева, получившего его в вотчину от великого князя Ивана III. От Ивана Белки пошел род Белкиных, которые владели селом вплоть до опричнины.

В царствование Ивана Грозного, в период опричных потрясений 1560-х годов, село Белкино досталось Малюте Скуратову, любимому сподвижнику царя. В частной жизни глава опричного сыскного ведомства Григорий Лукьянович Бельский, чьим именем пугали детей, был заботливым отцом троих дочерей. Около 1570 года он выдал свою дочь Марию за молодого придворного Бориса Годунова – «рынду с рогатиной», в котором никто еще не мог распознать будущего государя всея Руси, и в приданое за ней отдал село Белкино.

Борис Федорович Годунов (ок.1552-1605) превратил село Белкино в центр крупного имения, приобретя несколько десятков смежных деревень и пустошей. При нем эта вотчина охватила почти всю территорию современного города Обнинска вместе с его окрестностями, включая деревни Пяткино, Самсоново, Кривское и другие. Годунов поставил в Белкине деревянный шатровый храм во имя св. Бориса и Глеба, по которому село получило второе название – Борисоглебское. Он велел выкопать в Зайцевском овраге, где протекал ручей, Большой пруд, сохранившийся до сих пор. В то время богатая барская усадьба представляла собой деревянные «хоромы» с хозяйственным и «конюшенным» дворами.

В Белкино молодой Борис приезжал на соколиную охоту (окрестности села издавна славились отличными охотничьими угодьями), отдыхая от полной тревог и опасностей жизни в Александровой слободе. Благодаря своему незаурядному уму, обаянию и железной выдержке Годунов сумел не только уцелеть при дворе мнительного деспота, но и достичь высшей власти. В 1598 году он взошел на трон, став первым на Руси избранным царем. Так село Белкино стало царской вотчиной – на семь лет, до падения династии Годуновых в 1605 году. Память о Борисе Годунове веками бережно хранилась в среде местных крестьян и помещиков. Уже в XIX веке в мемуарах графа Михаила Бутурлина упоминается в качестве достопримечательности усадьбы Белкино огромный «годуновский вяз», возвышавшийся, как маяк.